بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران

Authors

  • سمیه بارانی دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
  • مجید خان سفید استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
Abstract:

شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون‌گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه‌های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه‌گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله‌های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به‌ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم‌های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم‌های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین‌تری در بررسی‌های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل‌های مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی‌های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه‌هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و عدم تعادل پیوستگی در برخی از نژاد‌های گوسفند بومی ایران

فن‌آوری‌های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایه‌های SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه‌ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می‌کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ...

full text

بررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی

Twinning trait is an important trait in sheep breeding. Reproductive traits differ greatly across sheep breeds, but also between sheep in a single flock. Identification of ewes with higher twinning rate and more raised lambs per year is an important parameter for breeding and farming success. A genome-wide haplotype association study, using 42,416 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) was cond...

full text

بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده‌های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی

زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیت­ها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیت­ها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است. هدف: در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت. روش کار: بدین منظور ...

full text

روند تحلیل تیموس در گوسفندان بومی ایران

در این پژوهش تیموس 30رأس گوسفند نر وماده،نژاد بومی ایرانی،از5ماهه تا 8ساله در سه گروه بررسی گردید. تیموس در گوسفند از یک بخش گردنی در دو طرف نای و یک بخش سینه ای در سمت چپ،در میان سینه پیشین تشکیل گردیده است. پس از ذبح و تشریح نواحی گردن و سینه،شکل خارجی،موقعیت،روابط،رگها و اعصاب غده بررسی وابعاد آن اندازه گیری و وزن شدند. برای مطالعه بافت شناسی،پس از پایداری غده در فرمالین،از هر نمونه برشهای ب...

full text

بررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی

دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می­باشند. صفات تولید­مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت­های عمده می­باشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدم­تعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تک­نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دو­قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه­های خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همرا...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 48  issue 1

pages  11- 18

publication date 2017-05-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023